Thema-afdelingen zijn platforms waar leden inhoudelijk met elkaar kunnen discussiëren over belangrijke politieke kwesties. Zij hebben het recht moties en amendementen op het congres in te dienen, en kunnen daarmee vanuit een bepaalde inhoudelijke expertise direct invloed uitoefenen op de inhoudelijk koers van D66. Daarnaast kun je vanuit een thema-afdeling makkelijker contact leggen met andere organen binnen D66, om zo ook via minder formele weg een bepaald thema op de kaart te zetten.